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刘浩然在通政司门口当着数万围观军民的面向一百多位可怜的学子发泄了一通天子之怒。第二日刘浩然的一番话经过“修饰”之后在《大明邸报》上发表了，天下人都以为以夏时安、桂德等人怕是要有灭顶之灾，杀头流放是少不了的。可是刘浩然只是通过内阁将夏时安、桂德等人的公职夺去之后便没有进一步的动作，只是授意枢密院出来和这些人打了一场官司。夏时安、桂德等人官司打输了这是正常的，他们的上书都已经上了报纸，想抵赖是不行的。枢密院拿出各种证据，轻而易举地就驳倒了这些文人“凭空”想出来的污蔑之词。只是夏时安等人只是被判处了三月到三年的劳役，这似乎太轻了，让很多人都感到出乎意料。最后，刘浩然在《大明邸报》就此事发表了一番言论，说大明以法治国，不能以一人之喜怒而动其根本，就算天子之怒，也必须通过法律来展示它的威严。
过去了十余天，刘浩然突然又传下诏书，言明十月二十七日举行御前全体会议。众人开始纷纷议论，这时不时皇帝陛下秋后算账，准备找夏时安、桂德的“组织”-江南学派的麻烦。
不管如何，二十七日一早，有资格参加会议的众人早早地赶到了议事堂，满满地坐满了整个大堂。
“诸位。这是我拟定的枢密院、内阁、各省机构的调整方案，大家议一议。”刘浩然开门见山地说道，让通政司秘书处将文件分发给与会的众人。按照惯例，这种大事一般先通过御前通气会，与大学士先通通气，然后进过御前会议将草案讨论拟定下来，最后再拿到御前全体会议上拍板。这次刘浩然没有经过前两次的过程，直接拿到御前全体会议上，说明他一定要执行该草案，不容臣下反驳的决心。
怀着各种心思，众人开始仔细看起来。
第一大项是对枢密院的调整，刘浩然在方案中言明，今后枢密院是对大明武装力量的最高领导机构，直接对皇帝陛下负责，也直接接受皇帝陛下的领导，跟后世的中央军事委员会差不多了。根据调整方案，枢密院的总负责人和最高主官就是皇帝陛下，而负责具体事务的主官就是名义上的副职了。枢密院设四位副职，第一副职是都承旨签枢密院事，第二、三、四副职是副都承旨同签枢密院事。这一调整就是此前的同知枢密院事废除了，改以新官职称呼，而这一新官职的都承旨很明显的表示，签枢密院事、同签枢密院事是承旨办事的，直接言明皇帝陛下对枢密院的控制。
枢密院的第二个调整就是增减了几个军司，并进一步明确各军司的职责。原枢密院有军情司，军政司，军令司。指挥司，军训司，后指挥司改为参军总署。这一次刘浩然进一步加强了参军总署的职能，参军总署主官为参军总长，由一位副都承旨同签枢密院事兼领，职责是对大明陆海军建设和对外作战提出战略性建议，战时组织实施战略指挥，下达作战部署和命令，平时拟制大明陆海军军事工作规划，对陆海军各部日常军事训练进行监管等。
军政司继续保留，大明军政军官越来越突显出其作用，在北伐战事，不仅使得全军士气高涨，一路上对迅速占领和稳定各地发挥了重要的作用，在漠北战事中，正是由于大明军政军官的作用，使得东北、漠南、西北等二十多万骑兵踊跃加入明军，投入到对北元的战事中。
因此，刘浩然在这次调整中进一步增强其职责，军政司主官为录事总长，由一位副都承旨同签枢密院事兼领。军政司负责大明陆海军的“政治思想工作”。确保大明陆海军上下一心，坚定不移地忠于皇帝陛下和大明。具体事务为委任军政军官到陆海军各部，指导各部队的“政治思想”、“文化宣传”，“军事保卫”和“纪律监督”等工作，除了各职能厅之外，此前直接由枢密院、陆军部、海军部管辖的军报-《胜利报》，《大明陆军邸报》，《大明海军邸报》均划给军政司管理，此外还有大明陆海军仪仗队，大明陆海军军乐团，以及此次调整提出新建的大明陆海军文工团也全部划给军政司管理。
同时，刘浩然在调整方案中提出将南京陆军军官学院、南京海军军官学院的军政科单独划出，成立南京军政学院，直接由军政司管理。
刘浩然还进一步确定，军政军官一直配置到队，录事正式成为军政军官的称呼，而参军只配置到团一级。
军训司改为军辎司，它负责平时武器装备等军用物资的采购、运输、保管及分配，负责战时的后勤保障和统一指挥。
军令司继续保留，它负责平时根据参军总署的建议，皇帝陛下的批准对陆海军各部进行调遣命令，一到战时，它自动协助参军总署，将参军总署的命令顺利地下达到各部队，并负责战时动员，下达预备役集结的命令，并根据参军总署、军政司的考稽对将级以下军官进行升迁和授衔。
此外，在这次调整中刘浩然对典军镇抚署进行了一次大调整，典军镇抚署被一分为二。镇抚署成为独立的军事司法机构，专门对武装人员、与军事有关联人员或者涉及军事案件依照大明军律进行审判，而典军营则独立出来成为监督和执行军法军纪的队伍，改由军政司直接管辖。
都镇抚署是最高级别的镇抚署，都镇抚使则是镇抚署的最高长官，由第三位副都承旨同签枢密院事兼领，但是镇抚署是个人负责制，也就是案子直接由各镇抚使独立负责，就算是官司打到都镇抚署，案子也由单独的副都镇抚使受理审判，都镇抚使无权干涉，他只负责整个镇抚署的管理，对军律修改的建议，以及当镇抚使、副镇抚使空缺时向枢密院和皇帝陛下提交推荐人选。
有了军事司法审判机构，还必须有司法检察机构，于是在这次调整中刘浩然又新设立了独立军事检察官，他们直接由都承旨签枢密院事直接任命和管理，负责对军中司法和执法的监督，负责担任军方公诉人，也负责对军政司军纪管理进行监督，与镇抚署组成了完全独立的军中司法体系。
军情司职责未变，依然保持原来的状态，不过它的主官有一项特权。就是可以向侍从司直接提交关系重大的军事情报。
枢密院进行了调整，陆军部和海军部也进行了大幅调整，陆军部和海军部现在只负责军中将士的招募入伍、军籍管理、退伍退役管理、陆海军医院和陆海军医大学管理以及与参军总署、军政司共同管理军官、士官学院，还有对所有涉及军用武器、物资生产工厂的管理。按照新的流程，所有的陆海军有关的兵工厂、弹药厂、造船厂等工厂均由陆军部和海军部管理，军辎司只是根据参军总署与各部队确定的要求数量向这些工厂下订单采购，而陆军部和海军部主要的责任是按照军辎司的要求监督各工厂按质按量的完成订单，及时交货，然后付款，因为军费掌握在陆海军部的手里。
按照刘浩然开始实行的财政预算案，陆海军每年也需要列出未来一年整个陆海军日常的费用。包括为部队装备枪械火炮、日常营地枪炮维护、日常将士军饷粮草、新舰建造计划、军舰日常维护等等，算出一笔总账之后，计部将钱款分别划到陆军部和海军部，而这两部再每一季划拨给军辎司，计部监督陆军部和海军部的军费使用，陆海军部则监督枢密院的军费使用。自从大明商业银行林立之后，按照刘浩然的指示，陆海军部为每一位已经入伍的将士和新入伍的将士在有皇家、官方、军方三方背景的富国银行开设私人账户，每月的军饷和津贴全部由陆海军部直接划拨到将士们的私人账户上去。
大明陆海军的军饷是根据军衔确定的，而津贴是根据军种和岗位确定，都是固定好的，陆海军部掌握着陆海军的军籍，你军令司如何调整军衔、岗位陆海军部不管，但是你必须通知我进行档案调整，然后军饷津贴按章执行。
不过战争时期不一样，一旦准备进行战事，参军总署和军辎司预计花费的钱粮列出来，由皇帝陛下批准，交给内阁，计部将钱划出来，直接拨给军辎司，然后向各工厂下订单，事后对各参战将士进行犒赏，不过这个费用你必须列出清单，战后交由陆海部审计，最后交给计部审计销账。
大明陆海军部还有一项重要职责，那就是整个大明的国防教育。除了每年一次的招兵和学员军官招考，大明陆海军部每年还会列出一笔预算，用于各省的民兵和预备役训练，以及对国民的国防教育。
在这次调整，刘浩然对大明陆海军进行了大幅度的调整。陆军方面，继续保持常备军、守备军和民兵预备役军的区分。
按照刘浩然的计划，大明常备陆军将保持一百三十个步兵团，其中包括大内亲军的十个步兵团，全部装备火枪；四十个炮兵团，其中包括大内亲军的三个炮兵团和单独的十个重炮团和四个特种炮兵团；五十三个辎重团，其中包括大内亲军的三个辎重团和单独的十个快速辎重团。炮兵团很好理解了。辎重团就是运输团，它负责所属师的军辎保管、运输和护卫，一般有两千余人，多装备马车、驴车、骡子等“运输工具”，有一定的自卫能力。
刘浩然提出常备陆军在团的机构上增加师的编制，一个师直辖三个步兵团，一个炮兵团，一个辎重团，一个直属工兵营，一个直属侦骑队、一个直属军令队、一个护旗营和其它师部直属单位，总人数在一万五千人左右。师的军事长官为统制，军政长官为录事长，幕僚长官为参军长。平日师部与各团分开，各驻一地，只留直属单位在师部。共计四十个步兵师。
常备陆军还将编练四十个骑兵团，其中包括大内亲军的两个骑兵团和两个独立的侦骑团，共编为十二个骑兵师，加上师属单位，大约在一万人左右。
如此算下来，整个大明的常备陆军包括大内亲军，总人数在八十五万。
由于这个人数十分庞大，加上刘浩然准备让自己的军队从半军半屯逐步走向全军事化，但是受现在生产条件的限制，数百万军队完全职业化是做不到的，但是刘浩然设想至少要让常备军逐步完全职业化。
因此，为了减轻百姓的负担，刘浩然大幅度裁减了守备军的人数，从此前的一百六十余万裁减到如今的一百个步兵团，四十个骑兵团，二十个炮兵团，总计五十万。他们依然以团为单位，分布在各交通要地和重要城镇附近。他们平时半军半屯，尽可能保证粮食自给，同时也负责各自防区的军事防务。一旦战事发生，他们将接受军令司下达的动员命令，听从参军总署的调遣，加入到指定的常备军步兵师序列中去，成为他们的补充。
而民兵预备役依然由各地的县尉和守备负责日常管理和训练，一旦战事发生，他们将听从军令司的动员令，迅速集结到府治，组成预备役团，随时听从参军总署的命令补充到指定的常备师中去。县尉除了这个任务之外，还负责每年一次的招兵工作。
而各省的都指挥使除了管理各地的预备役民兵之外，还负责管理该省辖区内的守备部队，但是他没有调遣权，各守备部队只听从枢密院军令司的调遣。