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闸船舰队开始作战一个小时后，郑成功率领的福船纵队也投入战斗。
与闸船舰队始终保持锥形不同，福船纵队它划过一条漂亮的弧线，从葡萄牙的右侧划过。
在“征东”号、“征西”号、“征北”“征南”4艘三桅福船战舰的护卫下，郑成功亲率旗舰“大将军”号，从葡萄牙舰队的前头划过。
6点25分，“大将军”号的左舷炮开始射击。
第一次舷炮齐射就击毁了盖伦帆船“费迪南德“号的尾部，使200名水兵丧失了战斗力。
交火不久，“大将军”号沿着葡萄牙舰队的右侧向后行驶，寻找敌人的旗舰。
“大将军”号的拼命搜索中，突然发现在“若昂”号后的一艘战舰上挂着海军元帅霍利斯的帅棋，他就是“若奥由公爵”号。
郑成功当即举起宝剑指着“若奥由公爵”号，高声喊道：“给我冲过去！”
副将黄悟听到顿时吓了一跳，喊道：“大将军，这样太危险了！你是主帅，这里还需要你指挥，让其舰队杀过去！”
正杀到血气翻腾的郑成功哪里听的进去，怒喷道：“怕个鸟！给我撞过去，听到没有！”
在郑成功强令下，“大将军号”调转船头，冒着炮火强行朝着敌舰冲过去。
“大将军”号利用自己的船型优势，强行将“达伽马”号撞开，利用左舷的18门火炮，向“达伽马”的舷窗中猛轰，使它遭受了极大的损毁。
“大将军”号就这样硬生生挤进了敌舰中。
看到郑家旗舰竟敢冲到自己的船舰中，哥丁霍高喊到：“快，快将敌人的旗舰给我击沉！”
五六艘佛郎机的战舰顿时调转了炮口，狠狠的轰击着“大将军”号。
被射失的炮弹激荡起的波涛海浪将“大将军”号冲地如同过山车般上下跌荡。
郑成功左手死死抓着船绳防止自己被摔出船舰海，右手高举着宝剑，浑然不顾呼啸着穿过的火炮，怒吼着：“前进，给我冲。冲过去，用炮火将对方给撕碎！”
征东南西北四艘护卫福船看到“大将军”号冲进敌军中，正遭受着敌军火炮围攻，也顾不上其他，齐齐冲进来，护在它身边，与敌军对轰。
敌我双方的距离相隔如此近，甚至对手的血都能溅到自己的脸上。
上百们火炮的炮轰下，战舰上到处都是死尸，尸体没有多少是能完整的。脑浆、断肠撒的一地都是，景象非常之凄惨。
战后收拾战友的尸体时，久经战场的老兵看到眼前的惨状，很多人都忍不住呕吐起来。
在其他船舰的护卫，“大将军”号只受了点轻伤就从敌军冲出来，直朝对方的旗舰“若奥由公爵”撞过去。
来到佛郎机的旗舰“若奥由公爵”旁，“大将军”号早已经准备好的28门火炮，立即对它展开了铺天盖地的炮击。
一枚枚炮弹将“若奥里公爵”号身上砸出了无数哥大洞，没有多久，“若奥里公爵”已经伤痕累累，
经过20分钟的猛烈轰击之后，“若奥里公爵”号已变成了一个无法控制的空船壳，
下午7点16分，被打得千疮百孔的“若奥里公爵”号战列舰沉没，提督哥丁霍在旗舰沉没时搭上小船逃上一艘小型盖伦船逃走了。
此时天色已经昏暗，郑家军的士兵已经看不清海面，让哥丁霍顺利逃上了一艘船。
佛郎机旗舰的沉没，舰队失去了统一指挥。各战舰无人指挥，只能各自为战。
不占优势佛郎机战舰，每一艘几乎要同时面对三四艘郑家舰队的围攻。
不到半小时，就有二十多艘佛郎机战舰被郑家战舰击毁，沉入海底。
逃上了盖伦战舰“马丁内斯”号，哥丁霍看着混乱，陷入危机的佛郎机舰队，终于知道佛郎机失败了，已经再也挽不回战局了。
哥丁霍看着铺满佛郎机士兵尸体的海面，流着泪下了撤退命令。
听到撤退的命令，外围的佛郎机战舰根本顾不上还在奋战的舰队，顾不上还飘在海面的战友，慌忙夺路逃跑。
被郑家战舰包围的佛朗机战舰见到看到自家舰队逃跑了，还在奋战的他们顿时感到绝望了。
佛郎机士兵停止了抵抗，一个个扔掉了兵器。
为了活命，用能找到的白旗，诸如手帕、内衣等高高举起，挥舞着。
看着佛郎机无数挥舞的白旗，郑成功忍不住扬天长吼：“我们胜利了！”
听到大将军吼声话，“大将军”号上的战士忘情地吼叫起来，“我们胜利了！”
那些奋战的郑家士兵听到喊声，看着停止抵抗的番鬼，瞬间将手中的兵器高高举起，大声怒道：“吼吼吼，我们胜利了！”
声音高亢直冲云霄。
炮火停止了，火枪声也停止了，弥漫的硝烟、浓厚的火药味仍笼罩在战场上空。鲜血染红了海面，数十艘战舰正在燃烧着。
澳门海战，郑家水师以沉没12艘战舰，受损28艘战舰，死伤2107名战士赢得了这场战争！
佛郎机舰队损失惨重，137艘战舰基本全部带伤，当中31艘被击沉，43艘严重击损，就算拖回也没法修护好了。共有34艘战舰，3000士兵做了郑家水师的俘虏。
哥丁霍只带着30多艘战舰以及4000多士兵狼狈逃走了。
此战过后，佛郎机主力战舰基本全部丧失，剩下的30多艘战舰别说维护他们在东南亚的贸易商业，就连他们本土都照顾不来。
可以说佛郎机的势力没个三五十年是根本无法恢复了，但其他人会这么轻易坐视他重新崛起吗？
不要说郑家水师不会放过这个机会，其他豪强列国也不会放过打击佛郎机的机会。
被打懵了的佛郎机舰队仓皇撤退，31艘战舰逃往澳门。
到达澳门时候，哥丁霍发现他的处境是空前的恶劣。
一切的粮食，供应品都缺乏，根本不能供应给他那么多士兵，还有1700余人的病兵。
更加严重的是澳门不是葡萄牙，没有那么多炮弹给他补充，现在佛郎机舰队正处在最虚弱的状态中，炮弹严重匮乏。
不说现在损失惨重根本无力再战，就算全盛时，如果没有炮弹也不可能战胜敌人。
哥丁霍派人将澳门抢劫一番后，连澳门总督马士加路都顾不上，急忙上船向东帝汶逃去。
在海面上修正了半天，将受损的船舰送回去维修，押解佛郎机战舰以及士兵去金门后，
郑成功决定不给佛郎机舰队留下生路，发出命令。“继续攻击敌舰！”
于是能站的舰队鼓起风帆全速追击逃跑的佛郎机舰队。
佛郎机舰队在前面惊恐地逃跑，郑家水师在后面穷追猛打。有几次，哥丁霍也试图调过头反击郑家水师，
可这不仅没能伤害到郑家水师，反而打乱了自己的队形。在追追打打的过程中，7艘佛郎机战舰遭到重创，沉入海底，郑家战舰却只受了轻微创伤。
佛郎机舰队提督哥丁霍见大势已去，去东帝汶无望，为了躲开郑家水师的追击，舰队向南行驶，绕过马六甲返回葡萄牙。途中，舰队不断遭到风暴的袭击，又损失了一些舰船，数千官兵因疾病、饥渴而丧命。1649年2月间，当舰队返回葡萄牙时，仅剩残破舰船22艘。
追了两天，紧追佛郎机舰队的郑成功发现自己的炮弹也快已打完了，只好下令停止追击。
至此，历时近7天的澳门大海战，以郑家水师大获全胜结束。